故事讲述住在冲绳离岛上的桥本骏(村田 配音)，结识了失去父母的孤独高中生知花实央(松冈 配音)，两位少年成了好友。实央为了快点成长为大人，决定离开本岛，两人渐渐断了联系。3年后，实央却再次出现在骏的面
14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（
