讲述史蒂文以为他保护地球的日子结束了,但新的反派来到沙滩市,史蒂文平静美丽的日子也完了,他遇到了人生中最大的挑战。
2044年的纽约,大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球,大量外星人通过神秘传送门入侵,将城市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势,死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望,忍者神龟们决定回到过去时