正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫
远在人类文明15,000年前，地球上的高智能哥斯麽族就被两只大昆虫型怪物—摩斯拉及巴特拉所摧毁。而在一次山崩後，现今日本的伊房岛上却将埋藏在地下的摩斯拉巨蛋发掘来。其後三只史上最强大的怪兽—哥斯拉
