第二次世界大战过后已经16年了，但是各个大国之间的关系的政治纠纷没有结束，逐渐分成联邦营（资本主义）和同盟营（共产主义）两大派别，韩战结束后南北朝鲜协定北纬38度线为界，虽是这样，苏联对美国的核子战争

　　哥斯拉破坏日本多年，〈G对策总部〉发明黑洞炮对付。但实验出意外，引来古代巨大昆虫超翔龙重现，并攻击哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龙及人类三方的战场。